M&Aを活用して会社売却による株式譲渡益が出る場合、2027年からの税制改正（富裕層課税）により、想定していたよりも手取りが大きく減る可能性があります。これまで株式譲渡益の税率は「20.315%で一律」と理解されてきましたが、今後は一定以上の所得となるケースで追加の税負担が生じる仕組み（ミニマムタックス）の対象が大幅に広がります。本記事では、事業承継等でM&Aによる会社売却を検討している経営者の方に向けて、制度の変更ポイントと対策の考え方を整理します。

M&Aによる会社売却（株式譲渡）の増税の境界線が 約10億円から 約3.5億円 へ

近年、高所得層に対する税負担のあり方（いわゆる1億円の壁）が課題となっており、その是正策としてミニマムタックス（最低税率課税）が導入されています。

この制度は2025年1月より既に施行されていますが、2027年1月を境にその影響範囲が劇的に変化します。

「所得6億円の富裕層」ではなく「売却額3.5億円」が増税対象？

ニュース等では「超富裕層への課税強化、対象所得を6億円に引き下げ」と報じられることがあります。しかし、これは給与所得（累進課税）などを多く含む一般的な富裕層をモデルとした目安です。

まず、原則的な株式譲渡益の税率を確認します。

株式譲渡益の課税は「申告分離課税」と呼ばれ、給与所得などの累進課税とは切り離して計算されます。これまでは、譲渡益がいくらであっても、この一律の税率で計算されるのが基本でした。

M&Aによる株式売却のように所得の大部分が税率の低い「株式譲渡益（分離課税 15.315%）」である場合、新計算式の「30%」という高い税率との差が早くに逆転してしまいます。そのため、実務上は政府が想定している数字よりもはるかに低い 売却額 約3.5億円 あたりから追加納税が発生し始めるのです。

特に創業オーナーの場合、株式の取得費が小さいことが多く、影響が出やすくなります。実務的な手数料も含めてシミュレーションしてみましょう。

この所得単体では、2027年からの新計算式による税額は通常の所得税を下回ります。しかし、オーナー経営者の多くは数千万円単位の役員報酬などがあるため、これらを合算した所得が約3.37億円を超えた瞬間、差額が追加納税として発生します。 つまり、売却価格が3.5億円を超える案件は、役員報酬を含めたトータルの所得で考えると、実務上、ほぼ確実に増税の射程圏内に入ると言えます。

2026年末までにすべきことは？

2027年1月からの増税の可能性が高まっている以上、次の2点を検討することをおすすめします。

2027年以降に増税対象になる場合の3つの検討案

売る直前では選択肢が限られます。早めに専門家と設計することが手残りを守るポイントです。

まずは自社の株価とM&A市場（買い手の有無や相場）の確認を

2027年からの激変は避けられませんが、最適な出口は早期売却だけではありません。まずは「今、自社がいくらで売れる可能性があるのか」という正確な現在地を把握することから始まります。

日本クレアス税理士法人の顧問先の皆様は、最新税制を踏まえた具体的な対応策について担当税理士へご相談ください。

また、具体的なM&Aの検討や詳細な株価の精査については、グループの専門組織である「コーポレート・アドバイザーズM&A」による[株価シミュレーション]をあわせてご活用いただけます。

増税という変化を、むしろ最高の承継に向けた準備を始めるきっかけにしていただけますと幸いです。

※本記事は2026年2月末時点の税制改正情報を基に構成しています。実際の判断にあたっては必ず税務専門家等へご相談ください。

参考情報：国税庁：極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置について