事業譲渡の場合、営業権に相当する金額は5年間で均等償却し法人税の算定上損金に算入することができるため、株式譲渡と比較し、投資金額に節税効果が出せます。

一方、買い手ので譲受資産に固定資産が含まれている場合、不動産取得税・登録免許税等、株式譲渡の場合には発生しない税金を負担しなければなりません。

また、譲受価額のうち、棚卸資産、固定資産（営業権・のれんを含む）には消費税が課されますのであらかじめ認識をしておく必要があります。